Η ανασυγκρότηση

1482 – 1521. Σ’ αυτή την περίοδο πεθαίνει ο Μεχμέτ Β΄ και το θρόνο του διεκδικούν οι γιοι του Βαγιαζήτ και Τζεμ ή Τζιτζίμ, όταν τελικά επικρατεί ο πρώτος. Ο Τζεμ κατέφυγε στους Ιωαννίτες όπου ο Ντωμπυσσόν τον δέχτηκε πρόθυμα γιατί έτσι θα αποτελούσε διαρκή απειλή για τον Βαγιαζήτ. Τελικά, για μεγαλύτερη ασφάλεια οι Ιππότες τον στέλνουν στην Ωβέρνη και συνάπτουν ειρήνη με το Σουλτάνο αποσπώντας του διατροφή για τον Τζεμ. Από εκεί και πέρα ο Τούρκος πρίγκιπας περιπλανήθηκε στην Ευρώπη, σαν αιχμάλωτος, ώσπου πέθανε από άγνωστη αιτία στο στρατόπεδο του Καρόλου.

Δεύτερη πολιορκία

26 Ιουνίου 1522. Οι τουρκικές δυνάμεις, με αρχιστράτηγο το βεζίρη Μουσταφά πασά, αποβιβάζονται στη Ρόδο με 200.000 στρατό. Τα πλοία τους φτάνουν τα 400. Αντίστοιχα, τη Ρόδο την υπερασπίζεται μία δύναμη 6.000 – 7.500 ανδρών, από τους οποίους μόνο οι 290 είναι ιππότες ενώ οι υπόλοιποι είναι μισθοφόροι. Οι χωρικοί – όσοι δεν έχουν κλειστεί στα κάστρα Λίνδου, Μονόλιθου και Φαρακλού – συρρέουν μέσα στην πόλη και στη διάρκεια της πολιορκίας χρησιμοποιούνται σε βοηθητικές δουλειές. Η τουρκική επίθεση γίνεται αυτή τη φορά από ξηράς και τα χτυπήματα είναι δυνατά τόσο από πολιορκητές όσο και από πολιορκημένους. Οι Τούρκοι σκάβουν υπονόμους για να μπουν στην πόλη ή για να την ανατινάξουν με πυρίτιδα. Οι ιππότες καταφέρνουν σχεδόν πάντα να τους εξουδετερώνουν με ανθυπονόμους. Παράλληλα συνεχίζεται ο βομβαρδισμός της πόλης και καθώς τα εφόδια τελειώνουν το ηθικό του λαού πέφτει. Παρόλα αυτά ο φόρος αίματος είναι βαρύτερος για τους Τούρκούς που θρηνούν ήδη 15.000 – 20.000 νεκρούς ενώ οι Χριστιανοί μόνο 200. Η αποτυχία κατατάραξε το Σουλτάνο που σκεφτόταν να λύσει την πολιορκία και να υποχωρήσει.