Ακολουθεί προς βορρά η πύλη του Αρνάλδου και στη συνέχεια το τείχος το διατρυπά η πύλη του Ναυστάθμου ή του Ταρσανά. Ακόμα βορειότερα η πύλη Απ. Παύλου ήλεγχε, το πηγαινέλα από το εμπορικό λιμάνι προς το λιμάνι του Μαντρακιού και το μόλο του Αγ. Νικολάου και αντίστροφα.

Η πύλη της Ελευθερίας ανοίχτηκε την περίοδο της Ιταλοκρατίας εκεί που βρίσκεται σήμερα η πλατεία Σύμης ενώ η μεσαιωνική πύλη των Κανονιών, στην πλατεία Κλεοβούλου, επιτρέπει την προσπέλαση της οχύρωσης από το Παλάτι. Από αυτήν την πύλη ξεκινά ένα εγκάρσιο τείχος, που ενώνει το Παλάτι με το εξωτερικό τείχος το οποίο διατρυπάται χαμηλά από την πύλη του Αγ. Αντωνίου που οδηγεί από την πόλη έξω στον κάμπο και στο λιμάνι του Μαντρακιού. Αργότερα το τμήμα αυτό της οχύρωσης πήρε τη σημερινή μορφή του από τον Μεγάλο Μάγιστρο P. D’ Amboise, που έκτισε και την εξωτερική ωραία και επιβλητική πύλη d’ Amboise. Μετά την πύλη αυτή ακολουθεί ο προμαχώνας του Αγ. Γεωργίου, που στα χρόνια του A. Fluvian ήταν μία από τις κεντρικές πύλες του κάστρου, αφού οδηγούσε από την ύπαιθρο κατευθείαν στην αγορά. Την πύλη φράζει ο P.d’ Aubusson το 1496, που τη μεταβάλλει σε απλό αλλά ισχυρό προμαχώνα και τη σημερινή της μορφή της την δίνει ο Ph. V. De l’ isle Adam το 1521, με σχέδια του περίφημου μηχανικού Basilio dalla Scuola και θα γίνει μία από τις πιο ισχυρές θέσεις της οχύρωσης.

Την πύλη Αγ. Αθανασίου την προστάτευε από τα δυτικά ο ισχυρός, στρογγυλός και ψηλός πύργος της Παναγιάς ενώ το ίδιο δυνατό και σύνθετο οχύρωμα ήταν κι εκείνο της πύλης Κοσκινού ή Αγ. Ιωάννου ή όπως την έλεγαν οι Φράγκοι το Μεσαίωνα και την λέει ακόμα ο κόσμος, Κόκκινη Πόρτα. Μετά την Κόκκινη Πόρτα, στη σημερινή πλατεία Μελίνας Μερκούρη βρίσκεται η πύλη Ακαντιάς.

Ο στρογγυλός πύργος του F. Del Carretto ή πύργος της Ιταλίας ήταν αρχικά μία από τις πύλες της πόλης. Γύρω στο 1480 όμως την έκλεισαν και τη μετέτρεψαν σε ισχυρό πύργο.