Την περίοδο της Τουρκοκρατίας το Παλάτι χρησιμοποιήθηκε ως φυλακή, χρήση που θα διατηρήσει και επί Ιταλοκρατίας, μέχρι την εποχή που αποφασίστηκε η «αναστήλωση» του.

Από τους Τούρκους εγκαταλείπεται στην τύχη του και σιγά - σιγά καταρρέει. Οι κατά καιρούς μεγάλοι σεισμοί της Ρόδου συμπλήρωσαν την καταστροφή του. Εν τούτοις διατηρούσε την παλιά του όψη, εξωτερικά τουλάχιστον, μέχρι τα μέσα περίπου του 19ου αι. Το τελειωτικό κτύπημα το έδωσε το 1856 η έκρηξη της πυρίτιδας που βρισκόταν στα υπόγεια της γειτονικής με το Παλάτι εκκλησίας του Αγ. Ιωάννη του Κολλακίου και απόμεινε μόνο το ισόγειο του.

Κατά τη διάρκεια της ιταλικής κατοχής, το 1937 ο τελευταίος Ιταλός κυβερνήτης της Ρόδου Cesare Maria de Vecchi ξεκίνησε και ολοκλήρωσε την επισκευή και αναστήλωση του κτιρίου, δίνοντας διαφορετική εσωτερική διαρρύθμιση που να εξυπηρετεί τη χρήση του ως θέρετρο για τον ίδιο και άλλους κυβερνητικούς αξιωματούχους..

ο νέο Νοσοκομείο των Ιπποτών (Αρχαιολογικό Μουσείο)
Είναι ένα από τα ωραιότερα και καλύτερα διατηρημένα κτίρια της Ιπποτοκρατίας χτισμένο διαγωνίως απέναντι από το Ναό της Παναγιάς του Κάστρου. Παρόλο που ο χαραχτήρας και η αποστολή του Ιωαννίτικου ιπποτικού Τάγματος είχε αλλάξει από την εποχή που αυτό ιδρύθηκε στην Παλαιστίνη, εν τούτοις δεν έπαψε ποτέ να θεωρεί την περίθαλψη των αρρώστων και των φτωχών ως μία από τις κύριες αποστολές του. Έτσι λοιπόν, το Νοσοκομείο ήταν γι’ αυτούς ένα από τα σημαντικότερα κτίρια. Σήμερα, στο κτίριο αυτό στεγάζεται το Αρχαιολογικό Μουσείο της Ρόδου.

ο Πρώτο Νοσοκομείο
Αποτελεί το μόνο δείγμα της πρώιμής αρχιτεκτονικής των Ιπποτών, πριν το 1480 και δίνει μία εικόνα της περιόδου που προηγήθηκε της αρχιτεκτονικής του τέλους του 15ου και κυρίως της αρχής του 16ου αιώνα, με το εμφανές Αναγεννησιακό και έντονο στρατιωτικό πνεύμα.